Bulk RNA-seq 和 single cell RNA-seq 的主要區(qū)別在于單細(xì)胞測序代表單個細(xì)胞（single cell），而 bulk 測序代表一群細(xì)胞（a population of cells）。我們都知道單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序能夠解決常規(guī)轉(zhuǎn)錄組測序無法解決的細(xì)胞異質(zhì)性問題，對于推進(jìn)醫(yī)學(xué)和生物學(xué)研究進(jìn)展具有極大的促進(jìn)作用。現(xiàn)在很多的研究同時進(jìn)行 Bulk RNA-seq 和 single cell RNA-seq，為了明確單細(xì)胞測序分析結(jié)果的準(zhǔn)確性，可以利用相同樣本的 Bulk RNA-Seq 數(shù)據(jù)進(jìn)行評估，兩種測序結(jié)果相互印證。
Part .01
2019 年 10 月，美國紀(jì)念斯隆 - 凱特琳癌癥中心等科研機構(gòu)的科研人員在 Cell 上發(fā)表了題為“Transcriptional Basis of Mouse and Human Dendritic Cell Heterogeneity”的文章，發(fā)現(xiàn)小鼠和人類樹突細(xì)胞異質(zhì)性的轉(zhuǎn)錄基礎(chǔ)。
文章通過單細(xì)胞測序分析，基于轉(zhuǎn)錄組分析（文章同時做了 bulk RNA Seq 和 single cell RNA Seq）和染色質(zhì)分析（ATAC-Seq）發(fā)現(xiàn)了新的樹突狀細(xì)胞（Dendritic Cell, DC）亞型，將以往的樹突狀細(xì)胞 cDC2 分為兩個亞型，這兩類 DC 細(xì)胞主要差異表達(dá) T -bet（一個 T 細(xì)胞相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子）和 RORγt（粘膜表面的一種多功能核受體，也是一種轉(zhuǎn)錄因子），而且研究表明這一發(fā)現(xiàn)在人和小鼠中是保守的。這篇文章同時進(jìn)行了 bulk RNA Seq 和 scRNA Seq，并且對兩種測序產(chǎn)生的結(jié)果進(jìn)行比較討論兩種測序方式結(jié)果的一致性。這篇文章不僅發(fā)現(xiàn)了新型的 DC 亞群，基于流式細(xì)胞術(shù)將細(xì)胞分選后分別進(jìn)行的 RNA-Seq 測序，充分利用流式細(xì)胞術(shù)分析細(xì)胞表面和細(xì)胞內(nèi)分子表達(dá)特征的優(yōu)勢，界定不同種類的細(xì)胞群，測定分離出的亞類純度，分析細(xì)胞的大小和總量，同時分析單個細(xì)胞的多個參數(shù)。
T-bet– cDC2s, T-bet+ cDC2, 和 cDC1 細(xì)胞群體轉(zhuǎn)錄組測序與 DC 細(xì)胞單細(xì)胞測序的亞群（cluster）相似性比較，不同的顏色表示不同細(xì)胞代表的行和單細(xì)胞測序不同細(xì)胞亞群（cluster）之間的相關(guān)系數(shù)
Part .02
19 年發(fā)表在 Nature Communications（12.12）的一篇文章 An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics 素。該研究使用轉(zhuǎn)錄組學(xué)（scRNA-seq 和 bulk RNA-seq）和基于蛋白質(zhì)組學(xué)的質(zhì)譜分析（mass spectrometry-based proteomics）來量化 young 和 old 小鼠肺部 30 種細(xì)胞類型的細(xì)胞活性狀態(tài)變化。作者發(fā)現(xiàn)，衰老會導(dǎo)致轉(zhuǎn)錄噪聲增加，并且放松對表觀遺傳的控制。作者還觀察了衰老對于細(xì)胞類型特異性的影響，發(fā)現(xiàn) 2 型肺細(xì)胞和脂肪成纖維細(xì)胞膽固醇合成的增加，以及呼吸道上皮細(xì)胞的改變，是肺部老化的幾大標(biāo)志。本文通過蛋白組與單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的整合分析預(yù)測了調(diào)節(jié)性蛋白的細(xì)胞來源，構(gòu)建了一個無偏倚的肺衰老圖譜。
文章思路
為了驗證單細(xì)胞 RNA 測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)的完整性，以及小鼠肺部 mRNA 和蛋白含量隨年齡的變化，作者又分別取了 6 個（3V3）和 8 個（4V4）young 和 old 老小鼠進(jìn)行 bulk RNA 測序和蛋白質(zhì)組質(zhì)譜分析，結(jié)果顯示小鼠肺部多組學(xué)數(shù)據(jù)展現(xiàn)一致性。
實驗設(shè)計
組學(xué)數(shù)據(jù)展現(xiàn)一致性
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