Visium HD 開啟了空間探索的新時代，它通過單細胞水平的分辨率增強了成熟的全轉錄組空間分析，實現(xiàn)了連續(xù)的組織覆蓋，并通過基于探針的創(chuàng)新化學方法和基于 Visium CytAssist 的工作流程帶來了一流的數(shù)據(jù)。

無偏好性的單細胞分辨率

此次發(fā)布的 VisiumHD 芯片摒棄了以大直徑 55um 的 spot 設計，而是采用 2 *2um 的正方形當做基礎分析單位，芯片中間沒有空隙。真正的能夠做到無間隙，無偏好性的單細胞分辨率水平的空間轉錄組。目前 HD 芯片發(fā)布捕獲框大小是 6.5*6.5mm 的規(guī)格，可檢測物種是人和小鼠，兼容石蠟樣本。

▲Visium HD  空間基因表達玻片包含兩個 6.5 x 6.5 mm 的捕獲區(qū)

▲Visium HD  空間基因表達玻片的捕獲區(qū)含有約 1100 萬個 2 x 2 μm 連續(xù)區(qū)塊，實現(xiàn)單細胞水平的空間分辨率。

Visium

Visium HD

搭載 Visium CytAssist 獲得最好的數(shù)據(jù)  

Visium HD 將強大的全轉錄組空間基因表達與單細胞尺度分辨率結合起來，來發(fā)現(xiàn)每一微米組織中獨特的生物學特性。同時啟用 CytAssist  儀器，讓樣本在簡單的運行工作流中獲得最好的數(shù)據(jù)。

▲全轉錄組、單細胞分辨率、連續(xù)覆蓋

▲通過 Visium CytAssist 實現(xiàn)精準的轉錄本定位

▲通過高分辨率的空間轉錄組學來增強 H & E 或 IF 成像后的樣本。

▲從 FFPE 組織塊或載玻片上的組織切片中獲得強大的數(shù)據(jù)

▲兼容 H & E 染色以及 IF 染色 Visium HD 空間基因表達兼容 H &E 染色以及 IF 染色。

（可在同一組織切片上進行高分辨率空間轉錄組學數(shù)據(jù)分析）

Visium HD  芯片與基礎芯片技術比較

  每微米都蘊藏著無限的探索潛力

這份 FFPE 人類乳腺導管原位癌樣本的 Visium HD 分析構建了 一張無偏的全轉錄組圖譜，并鑒定出腫瘤微環(huán)境中的主要 細胞類型和狀態(tài)。

H&E 染色結果

Visium HD 基因表達數(shù)據(jù)

▲自信地繪制血管等小型生物結構中細胞類型的空間排布。

帶有癌癥區(qū)域（黃色）和免疫富集區(qū)域 （青色）的病理學注釋的 H & E 染色結果

Visium HD 基因表達數(shù)據(jù)

▲定位組織駐留細胞群，包括免疫細胞或癌細胞，以發(fā)現(xiàn)它們的相互作用以及對疾病或治療應答的貢獻。

直觀的數(shù)據(jù)探索加速科學發(fā)現(xiàn)

Visium HD 數(shù)據(jù)是以 2  μm 以及多種拼接尺寸輸出的。上圖中的數(shù)據(jù)是在  8 μm 下可視化的。

• 利用 Space Ranger 的一組分析流程來處理 Visium HD 空間 基因表達數(shù)據(jù)以及明場和熒光顯微鏡圖像。
• 利用 Loupe Browser 對數(shù)據(jù)進行可視化和探索。
• 利用不斷擴大的第三方開發(fā)的 R 和 Python 工具生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)對 Visium HD 數(shù)據(jù)進行分析。

數(shù)據(jù)分析：Space Ranger & Loupe Browser

Visium HD 具備一體化的數(shù)據(jù)分析模式，使用 Space Ranger，可自動將空間基因表達信息疊加在組織圖像上，將原始 fastQ 數(shù)據(jù)經(jīng)過質(zhì)控，比對，定量等步驟后轉為 gene 表達矩陣，供分析人員進行二級分析。還可以使用 Loupe Browser 進一步可視化和探索 Visium HD 的數(shù)據(jù)，同時兼容 R 和 Python 開發(fā)的生態(tài)系統(tǒng)繼續(xù)分析 Visium HD 數(shù)據(jù)。