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原核生物來的 mRNA 沒有 polyA 結(jié)構(gòu)，因此可采用 rRNA 去除的方法，采用鏈特異性測序同時對原核生物的 mRNA 和 ncRNA 進行高通量測序。
樣本處理：超過 70 種細菌的 RNA 抽提經(jīng)驗；
文庫構(gòu)建：高效的原核生物 rRNA 去除方法，低至 200ng 起始的建庫能力；
質(zhì)控管理：ISO9001 認證，Illumina CSPro 認證；
數(shù)據(jù)分析：學(xué)術(shù)界權(quán)威的算法和流程；分析內(nèi)容涵蓋原核生物的 mRNA 和 ncRNA；靈活的定制分析；
項目成果：協(xié)助客戶發(fā)表多篇論文，影響因子 8.258。
實驗設(shè)計——樣本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——文庫構(gòu)建——測序——數(shù)據(jù)分析
樣本類型：total RNA
樣本總量：≥2μg
樣本濃度：≥50ng/ul
案例一
環(huán)二鳥苷酸（c-di-GMP) 是一種廣泛存在于細菌中的第二信使，參與調(diào)節(jié)多種生理功能，包括細胞分化、信號傳遞、生物膜形成、致病因子產(chǎn)生以及群體感應(yīng)系統(tǒng)的調(diào)控等。分枝桿菌是一類重要的病原微生物，具有抗酸性、生長緩慢、結(jié)構(gòu)復(fù)雜，對干燥、冷、酸堿等抵抗力強的生物學(xué)特性。
HPLC 分析表明，在 H2O2 的脅迫下，M.smegmatis 胞內(nèi) c -di-GMP 的含量有明顯的提高。過表達 C -di-GMP 環(huán)化酶 ydeH，在 H2O2 的脅迫下，M.smegmatis 生長良好。表明高濃度的 c -di-GMP 提高了分枝桿菌的抗氧化能力。轉(zhuǎn)錄組測序（伯豪提供）結(jié)果表明，過表達 c -di-GMP，引起了一個保守的氧化還原基因簇（Ms5855-Ms5865）的表達。進一步的研究發(fā)現(xiàn)，Ms5860 對于分枝桿菌 H2O2 的氧化防御起著重要作用。而蛋白 HpoR 能夠結(jié)合 hpoR operon 的上游調(diào)控序列，負向調(diào)控其表達。胞內(nèi)累積的 c -di-GMP，能夠特異結(jié)合 HpoR 蛋白，使得 hpoR operon 的表達得到恢復(fù)，進而提高了細菌對于氧化脅迫環(huán)境的抵御能力。
Li Weihui, Li Meng, Hu Lihua et al. HpoR, a novelc-di-GMP effective transcription factor, links the second messenger'sregulatory function to the mycobacterial antioxidant defense.[J] .Nucleic Acids Res., 2018, 46: 3595-3611.
案例二
井岡霉素是由吸水鏈霉素井岡變種（Streptomyceshygroscopicusvar.jinggangensis）產(chǎn)生的農(nóng)用抗生素，其具有高效無毒、對環(huán)境友好、抗性低等特點，為我國防治水稻紋枯病重要的生物農(nóng)藥之一。目前我國井岡霉素的年產(chǎn)量達 5 - 7 萬噸，其施用范圍和市場巨大。
上海伯豪攜手上海交通大學(xué)對吸水鏈霉菌 5008（Streptomyces hygroscopicus 5008）高產(chǎn)量生產(chǎn)井崗霉素（Validamycin）的研究做出重要貢獻。研究人員對吸水鏈霉菌的 γ - 丁內(nèi)酯（GBL）合成基因 afsA 與丁內(nèi)酯受體基因 arpA 分別進行敲除和過表達改造。通過上海伯豪的 Illumina Hiseq2500mRNA 測序服務(wù)對吸水鏈霉菌基因變化進行分析，從而開發(fā)得到了井崗霉素高產(chǎn)量的吸水鏈霉菌（產(chǎn)量比改造前增加 55%），為吸水鏈霉菌生產(chǎn)井岡霉素的基因工程改造做出了重要貢獻。
Tan GY, Peng Y, Lu C, et al. Engineering validamycin production by tandem deletion of γ-butyrolactone receptor genes in Streptomyces hygroscopicus 5008. Metab Eng. 2015, 28:74-81.
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