九月份單細(xì)胞測序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到 48 篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來先看看其中 6 篇。

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【標(biāo)題】內(nèi)皮細(xì)胞血液動力學(xué)適應(yīng)性有利于器官發(fā)育和腫瘤發(fā)生

【平臺】10X

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-09-09

【摘要】內(nèi)皮細(xì)胞具有組織特異性，可指導(dǎo)器官發(fā)育和再生。這種適應(yīng)性在培養(yǎng)的成熟內(nèi)皮細(xì)胞中喪失，因?yàn)槌墒靸?nèi)皮細(xì)胞不以器官型的方式使組織血管化。研究者發(fā)現(xiàn)在由層粘連蛋白、牙本質(zhì)素和 IV 型膠原（LEC 基質(zhì)）組成的無血清三維基質(zhì)中培養(yǎng)的成熟的人內(nèi)皮細(xì)胞中，胚胎限制性 ETS 變體轉(zhuǎn)錄因子 2(ETV2)3 的瞬時重新激活將這些內(nèi)皮細(xì)胞‘復(fù)位’為適應(yīng)性強(qiáng)的血管生成細(xì)胞，從而形成可灌注和可塑的血管叢。通過染色質(zhì)重塑，ETV2 誘導(dǎo)腎小管生成途徑，包括 RAP1 的激活，RAP1 促進(jìn)持久管腔的形成。在在不受生物支架約束的三維矩陣中，“重置”的血管內(nèi)皮細(xì)胞（R-VEC）在可擴(kuò)展的微流室內(nèi)自動組裝成穩(wěn)定的，多層的分支血管網(wǎng)絡(luò)，從而能夠介導(dǎo)血液運(yùn)轉(zhuǎn)。在體內(nèi)，皮下植入小鼠體內(nèi)的 R -VEC 自組織成耐用的周細(xì)胞包被的血管，該血管在功能上與宿主循環(huán)吻合，并具有穩(wěn)定性，沒有畸形或血管瘤的跡象。R-VEC 與三維共培養(yǎng)類器官中的細(xì)胞直接相互作用，從而消除了芯片器官發(fā)育系統(tǒng)所需的限制性合成半透膜，因此為血管化提供了生理學(xué)平臺，研究者稱之為“Organ-?On-VascularNet”。R-VEC 可以灌注葡萄糖反應(yīng)性胰島素分泌型人胰島，血管化去細(xì)胞大鼠腸道，并形成健康人或癌癥患者的結(jié)腸類器官。使用單細(xì)胞 RNA 測序和表觀遺傳學(xué)分析，研究者證明 R -VECs 建立了一種適應(yīng)性的血管生態(tài)位，可以以組織特異性的方式差異性地調(diào)節(jié)和適應(yīng)類器官和類瘤。Organ-On-VascularNet 模型將允許進(jìn)行代謝，免疫和理化研究，并進(jìn)行篩選以破譯器官型內(nèi)皮細(xì)胞與實(shí)質(zhì)細(xì)胞之間的串?dāng)_，以鑒定內(nèi)皮細(xì)胞異質(zhì)性的決定因素，并可能導(dǎo)致治療性器官修復(fù)和腫瘤靶向的發(fā)展。

【標(biāo)題】重編程路線圖揭示人誘導(dǎo)滋養(yǎng)層干細(xì)胞的生成途徑

【平臺】10X（snRNA-seq?&?scRNA-seq）

【期刊】Nature（IF=43.1）

【時間】2020-09-16

【摘要】將人類體細(xì)胞重編程為引發(fā)或原始誘導(dǎo)的多能干細(xì)胞，重現(xiàn)了早期胚胎發(fā)育的階段。這些重編程過程的分子機(jī)制在很大程度上尚待探索，這阻礙了我們的理解，并限制了對重編程方案的合理改進(jìn)。為了解決這些問題，研究者使用單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)重建了人類皮膚成纖維細(xì)胞的分子重編程軌跡。這表明，重新編程為準(zhǔn)備好的和幼稚的多能性遵循著不同且截然不同的軌跡。此外，可及染色質(zhì)全基因組分析表明核心多能性基因調(diào)控元件的關(guān)鍵變化，以及隨著時間的推移，染色質(zhì)可及性的整體變化。對這些數(shù)據(jù)集的綜合分析揭示了與滋養(yǎng)外胚層譜系相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子的作用，以及在重編程期間進(jìn)入滋養(yǎng)外胚層樣狀態(tài)的細(xì)胞亞群的存在。此外，可以捕獲這種類似于滋養(yǎng)外胚層的狀態(tài)，從而能夠誘導(dǎo)滋養(yǎng)層干細(xì)胞。誘導(dǎo)的滋養(yǎng)層干細(xì)胞在分子和功能上類似于衍生自人胚泡或早孕胎盤的滋養(yǎng)層干細(xì)胞。我們的結(jié)果為轉(zhuǎn)錄因子介導(dǎo)的人類體細(xì)胞的重編程提供了高分辨率路線圖，表明了滋養(yǎng)外胚層譜系特異性調(diào)控程序在此過程中的作用，并促進(jìn)了體細(xì)胞直接重編程為誘導(dǎo)的滋養(yǎng)層干細(xì)胞。

【標(biāo)題】再生反應(yīng)性增強(qiáng)子竟影響脊椎動物的再生能力

【平臺】10X，ChIP-seq

【期刊】Science（IF=41）

【時間】2020-09-04

【摘要】脊椎動物的再生能力各不相同，這種差異背后的遺傳機(jī)制仍然難以捉摸。兩種近緣硬骨魚的比較表觀基因組圖譜和單細(xì)胞測序揭示出對再生的物種特異性和進(jìn)化保守的基因組應(yīng)答。保守應(yīng)答揭示了幾個再生反應(yīng)增強(qiáng)子（RRE)，包括抑制素 βA(Inhba) 上游的一個元件，抑制素 βA 是一種已知的脊椎動物再生效應(yīng)因子。該元件激活了再生轉(zhuǎn)基因魚的表達(dá)，其基因組缺失共同干擾了尾鰭再生和心臟再生。增強(qiáng)子存在于哺乳動物中，具有功能必需的激活蛋白 1（AP-1）結(jié)合基序，并對損傷做出響應(yīng)，但它不能挽救魚類的再生。這項(xiàng)工作表明，富含 AP- 1 的 RRE 的變化可能是脊椎動物再生能力喪失的重要原因。

【標(biāo)題】人和小鼠腸道神經(jīng)系統(tǒng)單細(xì)胞圖譜

【平臺】10X（單細(xì)胞核測序），RAISIN?RNA-seq，MIRACL-seq

【期刊】Cell（IF=36.2）

【時間】2020-09-03

【摘要】腸神經(jīng)系統(tǒng)（ENS) 協(xié)調(diào)腸道中的各種功能，但由于細(xì)胞的稀有性和多樣性，一直無法進(jìn)行全面的分子表征。研究者開發(fā)了兩種方法以單細(xì)胞分辨率對成年小鼠和人類的 ENS 進(jìn)行分析：RAISIN?RNA-seq 用核糖體結(jié)合的 mRNA 譜分析完整的細(xì)胞核，而 MIRACL-seq 通過基于液滴的無標(biāo)簽富集稀有細(xì)胞類型分析。小鼠圖譜中的 1,187,535 個核包括來自回腸和結(jié)腸的 5,068 個神經(jīng)元，顯示出非凡的神經(jīng)元多樣性。研究者強(qiáng)調(diào)腸道神經(jīng)元的晝夜表達(dá)變化，表明疾病相關(guān)基因隨著年齡的增長而失調(diào)，并識別回腸和近端 / 遠(yuǎn)端結(jié)腸之間的差異。在人類中，研究者分析了 436,202 個核，回收了 1,445 個神經(jīng)元，并鑒定了保守的和物種特異性轉(zhuǎn)錄程序以及推測的神經(jīng)上皮，神經(jīng)基質(zhì)和神經(jīng)免疫相互作用。人類 ENS 表達(dá)神經(jīng)性，炎性和腸外疾病的風(fēng)險(xiǎn)基因，提示神經(jīng)元對疾病的貢獻(xiàn)。

【標(biāo)題】月經(jīng)周期人子宮內(nèi)膜單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜

【平臺】10X

【期刊】Nat?Med（IF=30.6）

【時間】2020-09-14

【摘要】在人類的月經(jīng)周期中，子宮內(nèi)膜會發(fā)生重塑，脫落和再生，所有這些都由潛在的細(xì)胞層次中大量的基因表達(dá)變化驅(qū)動。盡管它在人類生育力和再生生物學(xué)中很重要，但對這種組織穩(wěn)態(tài)的獨(dú)特類型的理解仍然是淺顯的。研究者在整個月經(jīng)周期的單細(xì)胞分辨率下表征了人類子宮內(nèi)膜的轉(zhuǎn)錄組轉(zhuǎn)化，從而在多個維度上解決了細(xì)胞異質(zhì)性。我們在子宮內(nèi)膜轉(zhuǎn)化的四個主要階段分析了七種子宮內(nèi)膜細(xì)胞類型（包括以前未鑒定的纖毛細(xì)胞類型）的行為，并發(fā)現(xiàn)了每種細(xì)胞類型和階段的特征性特征。我們發(fā)現(xiàn)人類的著床窗口打開與上皮細(xì)胞的突然和不連續(xù)的轉(zhuǎn)錄組激活相關(guān)，并伴隨在間質(zhì)成纖維細(xì)胞中廣泛的蛻膜化特征。本研究提供了跨月經(jīng)周期的人類子宮內(nèi)膜轉(zhuǎn)化的高分辨率分子和細(xì)胞表征，為這一基本的生理過程提供了新見解。

【標(biāo)題】功能性 CRISPR 分析揭示調(diào)控人調(diào)節(jié)性 T 細(xì)胞特性的基因網(wǎng)絡(luò)

【平臺】10X

【期刊】Nat?Immunol（IF=23.53）

【時間】2020-09-14

【摘要】調(diào)節(jié)性 T（Treg）細(xì)胞對于免疫穩(wěn)態(tài)至關(guān)重要。轉(zhuǎn)錄因子 FOXP3 維持 Treg 細(xì)胞的身份，但控制 Treg 細(xì)胞基因表達(dá)的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子的完整集合仍然未知。研究者使用匯集和排列的 Cas9 核糖核糖蛋白篩選來鑒定在基礎(chǔ)和促炎條件下調(diào)節(jié)人類原代 Treg 細(xì)胞中關(guān)鍵蛋白的轉(zhuǎn)錄因子。然后，他們從經(jīng)過遺傳擾動和細(xì)胞因子刺激的 Treg 細(xì)胞中產(chǎn)生了 54,424 個單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組，除了受 FOXO1 和 IRF4 調(diào)控的網(wǎng)絡(luò)外，還揭示了分別受 FOXP3 和 PRDM1 單獨(dú)調(diào)控的基因網(wǎng)絡(luò)。另外研究者還發(fā)現(xiàn) HIVEP2 以前與 Treg 細(xì)胞功能無關(guān)，它與 SATB1 共同調(diào)控了另一個基因網(wǎng)絡(luò)，對于 Treg 細(xì)胞介導(dǎo)的免疫抑制非常重要。通過整合 CRISPR 篩選和單細(xì)胞 RNA 序列分析，研究者發(fā)現(xiàn)了人類 Treg 細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子和下游基因網(wǎng)絡(luò)，這些網(wǎng)絡(luò)可能是免疫療法的目標(biāo)。

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