在此基礎(chǔ)上，BD 充分發(fā)揮自身在抗體領(lǐng)域的優(yōu)勢，不斷開發(fā)適用于免疫研究領(lǐng)域的單細胞蛋白組學(xué)分析產(chǎn)品。目前為止，已推出近 500 種 AbSeq 抗體（基于 Rhapsody?單細胞平臺的單個抗體），客戶可根據(jù)研究需求選擇合適的抗體類型及數(shù)量。然而，如何選擇抗體，選擇哪些抗體，往往需要研究者通過大量的文獻查詢、資料搜索進行確定，而后續(xù)針對數(shù)十個抗體的訂購及實驗操作也將是一項復(fù)雜且具有挑戰(zhàn)的工作。
為了有效減輕這些冗繁的環(huán)節(jié)，近日，BD 公司重磅推出 AbSeq Immune Discovery Panel (IDP) 抗體組合，這款基于人主要特異性免疫標志物的抗體組合，能夠在單細胞水平上，一次檢測多達 30 個細胞表面蛋白，涵蓋了人體大多數(shù)的免疫細胞群體；同時，該產(chǎn)品用于 BD Rhapsody?單細胞分析平臺，不僅可以用來分析單個細胞的表面蛋白，而且還可以和轉(zhuǎn)錄組同時進行檢測，實現(xiàn)多組學(xué)綜合分析的目的，在大限度上簡化實驗流程，助力科研進展。
操作便捷 — 解放研究人員的雙手
BD IDP：從 30 到 1 的便捷與高效。小小一個試管即包含了針對人類主要免疫標記蛋白的 30 種不同的特異性抗體，可支持 5 次實驗。不再需要針對數(shù)十個抗體一一進行操作，IDP 凍干粉，只需要依據(jù)說明書進行溶解制備后，即可加入樣本進行孵育。使用非常便捷，不僅縮短了實驗時間和流程，且能有效地避免繁多操作帶來的實驗失誤等。
圖 1. IDP 包含的 30 種抗體詳情
性能優(yōu)越 — 保證實驗結(jié)果的可靠
IDP 能夠在一次實驗中檢測多達 30 種表面蛋白的表達及豐度，為實驗人員提供高度便捷的同時，其實驗結(jié)果的可靠性仍然是令人關(guān)心的問題。為此，BD 公司研發(fā)工程師對 IDP 各抗體的特異性表達進行了充分驗證，并對 IDP 與相應(yīng)的 30 種單個 BD? AbSeq 抗體的實驗結(jié)果進行了比較。
IDP 包含的 30 種抗體的特異性得到了驗證，如下圖所示，每個抗體所標記的表面蛋白與對應(yīng)的免疫細胞分型是高度匹配的。
圖 2. IDP 包含的 30 種抗體的特異性分析
通過分析發(fā)現(xiàn)，IDP 能夠和 30 種單個 BD? AbSeq 抗體（新鮮配制混合）產(chǎn)生的數(shù)據(jù)相媲美，兩者的一致性非常高，相關(guān)性高達 0.984，進一步說明 IDP 的可靠性。
圖 3. IDP 性能的檢測流程
圖 4. IDP 與單個抗體混合標記的性能高度一致
靈活度高 — 便于探索更多科學(xué)問題
包含 30 種抗體的 IDP 力求能夠覆蓋大部分的免疫細胞研究需求，然而科學(xué)研究的復(fù)雜性，使得科研人員們在很多情況下需要在這 30 種抗體的基礎(chǔ)上進行擴充，那么這種情況下是否還能使用 IDP 呢？
答案是肯定的，這主要得益于 IDP 高靈活性的特點，即 30 種細胞表面蛋白的檢測是基礎(chǔ)，在此基礎(chǔ)上我們可以根據(jù)所研究的科學(xué)問題添加更多的抗體組合。同時，額外抗體的添加并不影響 IDP 的高性能特征。如下圖結(jié)果，在額外添加了 3 種單個抗體之后，前后分析結(jié)果在細胞聚類分布中幾乎是一致的，平均每個基因中檢測到的分子數(shù)也是幾乎一致的（R = 0.996）。
圖 5. 額外添加抗體對 IDP 性能影響的檢測方案
圖 6. 額外添加抗體對 IDP 性能無影響
兼容性好 — 助力多組學(xué)數(shù)據(jù)的分析
當下，單細胞轉(zhuǎn)錄組研究如火如荼，也成為高分文章的必備神器之一。單細胞相關(guān)研究在解析細胞異質(zhì)性及鑒定發(fā)現(xiàn)新型細胞亞群方面具有獨特的優(yōu)勢，也已經(jīng)成功應(yīng)用于生物醫(yī)學(xué)的研究中。
但在單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析過程中，我們常常遇到一個難題，即 RNA 的表達和蛋白層面的檢測往往不一致，這使得我們在鑒別細胞亞群或進行細胞機制研究時存在很多不確定環(huán)節(jié)。如果能夠同時獲得細胞的蛋白表達，將蛋白表達數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)相結(jié)合進行多組學(xué)分析，就能夠使單細胞表達解析更完整，研究結(jié)果更全面。
實驗數(shù)據(jù)表明，在不影響任何性能的前提下，IDP 與 BD Rhapsody? RNA 檢測試劑盒能夠?qū)崿F(xiàn)無縫對接。
圖 7. IDP 可與轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)一致性分析
同時，單細胞轉(zhuǎn)錄組結(jié)合蛋白組表達信息，使得細胞聚類分群效果得到明顯優(yōu)化。
圖 8. IDP 信息改善了單純基于轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)的分群
與此同時，在單個實驗中對多個樣本進行多組學(xué)分析可以降低實驗成本，重要的是避免了不同實驗之間的批次效應(yīng)（如腫瘤研究中的腫瘤組織、癌旁組織、健康組織在同一次實驗中進行分析對比，將更利于避免批次效應(yīng)對結(jié)果帶來的影響）。BD Rhapsody?單細胞平臺即可實現(xiàn)轉(zhuǎn)錄組 + 蛋白組（IDP/AbSeq）+ 多樣本檢測在同一次實驗中進行，真正高效、可靠地助力單細胞多組學(xué)研究。
結(jié) 語
流式方法進行蛋白組學(xué)分析已經(jīng)成為基礎(chǔ)研究和臨床診斷中常用的技術(shù)之一，而隨著單細胞技術(shù)的不斷發(fā)展，蛋白組學(xué)結(jié)合基因表達在單細胞層面的研究將極有可能成為下一個推動生命科學(xué)及轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)進程的契機。BD 公司在 Rhapsody? 單細胞平臺轉(zhuǎn)錄組的基礎(chǔ)上，利用自身抗體優(yōu)勢，推出 IDP 試劑盒，旨在幫助科研人員快速步入單細胞多組學(xué)研究領(lǐng)域，有力推進免疫、腫瘤等科學(xué)研究領(lǐng)域的高速發(fā)展。同時，BD 公司秉承持續(xù)創(chuàng)新的精神，也將在單細胞平臺上繼續(xù)開發(fā)更多的 AbSeq 抗體組合，希望能夠大限度助力科學(xué)研究，為科研工作者提供更便捷高效的產(chǎn)品及服務(wù)。
轉(zhuǎn)載：測序中國（侵刪）
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