十月份單細(xì)胞測(cè)序相關(guān)文獻(xiàn)共收集到 48 篇（IF>9），文末列表中列出文獻(xiàn)發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺(tái)等信息，接下來(lái)先看看其中 5 篇。
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【標(biāo)題】腸道類(lèi)器官再生的表型特征
【平臺(tái)】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-10-07
【摘要】體外單個(gè)成年腸道干細(xì)胞的腸道類(lèi)器官的發(fā)展總結(jié)了腸道上皮的再生能力。本文中研究者使用基于圖像的篩選來(lái)分析已知的化合物文庫(kù)從而揭示了協(xié)調(diào)類(lèi)器官形成和腸道組織再生的機(jī)制。他們對(duì)成千上萬(wàn)的類(lèi)器官多元特征輪廓進(jìn)行描述，以定量描述它們的表型。然后，利用這些表型指紋圖來(lái)推斷調(diào)節(jié)性遺傳相互作用，從而建立了一種新的方法來(lái)映射應(yīng)急系統(tǒng)中的遺傳相互作用。這使研究者能夠鑒定出調(diào)節(jié)細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變并維持再生和體內(nèi)平衡的基因，從而揭示了先前未知的幾種途徑的作用，其中包括視黃酸信號(hào)傳導(dǎo)。然后，研究者表征了視黃酸核受體在調(diào)控再生狀態(tài)終止和誘導(dǎo)腸上皮細(xì)胞分化中的關(guān)鍵作用。通過(guò)將定量成像與 RNA 測(cè)序相結(jié)合，研究者揭示了內(nèi)源性視黃酸代謝在調(diào)控腸上皮細(xì)胞命運(yùn)轉(zhuǎn)變的轉(zhuǎn)錄程序中的作用，并確定了類(lèi)視黃醇 X 受體的抑制劑可改善體內(nèi)腸的再生。
【標(biāo)題】單核 RNA 測(cè)序（snRNA-seq) 揭示了一個(gè)調(diào)節(jié)產(chǎn)熱的脂肪細(xì)胞亞群
【平臺(tái)】10X，smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-10-28
【摘要】脂肪組織通常根據(jù)其功能分為白色，棕色或米色（棕褐色）。它是全身代謝的重要調(diào)節(jié)劑，肥胖中的脂肪組織功能異常會(huì)導(dǎo)致各種繼發(fā)性代謝并發(fā)癥。此外，脂肪組織還可以作為信號(hào)樞紐，通過(guò)旁分泌和內(nèi)分泌信號(hào)調(diào)節(jié)全身代謝。本文中，研究者在小鼠和人中使用單核 RNA 測(cè)序（snRNA-seq) 分析來(lái)表征脂肪細(xì)胞異質(zhì)性。他們確定了小鼠的脂肪細(xì)胞的一個(gè)罕見(jiàn)的亞群，在較高的溫度下會(huì)大量增加，并且顯示該亞群通過(guò)乙酸鹽介導(dǎo)的生熱能力的調(diào)節(jié)來(lái)調(diào)節(jié)鄰近的脂肪細(xì)胞的活性。人脂肪組織中該亞群的細(xì)胞數(shù)量更多，這可以解釋與小鼠脂肪組織相比，人的致熱活性較低，并表明靶向該途徑可用于恢復(fù)致熱活性。
【標(biāo)題】譜系分析揭示內(nèi)胚層對(duì)脊椎動(dòng)物垂體發(fā)育的貢獻(xiàn)
【平臺(tái)】10X，
【期刊】Science（IF=41）
【時(shí)間】2020-10-22
【摘要】脊椎動(dòng)物的感覺(jué)器官來(lái)自稱(chēng)為 placodes 的上皮增厚。與神經(jīng)嵴細(xì)胞一起，顱底 placodes 被認(rèn)為是促使脊椎動(dòng)物頭部進(jìn)化的外胚層新現(xiàn)象。前面的 placodes 產(chǎn)生垂體的內(nèi)分泌葉 [腺垂體（ADH）]，它是控制生長(zhǎng)，代謝和繁殖的主腺。除了已知的外胚層貢獻(xiàn)，研究者在斑馬魚(yú)中使用譜系追蹤和延時(shí)成像來(lái)確定內(nèi)胚層對(duì) ADH 的貢獻(xiàn)。成年垂體的單細(xì)胞 RNA 測(cè)序顯示內(nèi)胚層和外胚層上皮具有相似的能力，可以產(chǎn)生所有內(nèi)分泌細(xì)胞類(lèi)型。此外，在幾乎沒(méi)有外胚層作用的情況下，內(nèi)胚層可以產(chǎn)生基本的 ADH 樣結(jié)構(gòu)。魚(yú)的情況支持脊椎動(dòng)物的垂體通過(guò)祖先的內(nèi)胚層原始垂體與新進(jìn)化的扁平外胚層的相互作用而產(chǎn)生。
【標(biāo)題】通過(guò)共享的單細(xì)胞 RNA 和染色質(zhì)譜檢測(cè)染色質(zhì)潛力
【平臺(tái)】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-10-24
【摘要】細(xì)胞分化和功能收到多層次的基因調(diào)控，包括通過(guò)染色質(zhì)可及性的改變來(lái)調(diào)控基因表達(dá)。然而，分化是一個(gè)不同步的過(guò)程，從而對(duì)導(dǎo)致細(xì)胞命運(yùn)方向的調(diào)控事件的理解變得困難。本文中，研究者建立了一種能夠在單細(xì)胞中同時(shí)高通量的檢測(cè)基因表達(dá)和染色質(zhì)可及性的方法 SHARE-seq，他適用于不同的組織。研究者使用小鼠皮膚的 34774 個(gè)節(jié)理剖面，開(kāi)發(fā)了一種計(jì)算方法，用于鑒定順式 - 調(diào)控相互作用，且將與超級(jí)增強(qiáng)子顯著重疊的區(qū)域定義為調(diào)控染色質(zhì)域（DORC)。從發(fā)育上看，DORC 處的染色質(zhì)可及性早于基因表達(dá)，這表明染色質(zhì)可及性的變化可能會(huì)引發(fā)細(xì)胞發(fā)育方向。研究者通過(guò)計(jì)算推斷出染色質(zhì)的潛力，將其作為染色質(zhì) lineage-priming 的定量測(cè)量并用于預(yù)測(cè)細(xì)胞命運(yùn)。SHARE-seq 是一個(gè)可研究組織中不同細(xì)胞之間的調(diào)節(jié)回路的擴(kuò)展性平臺(tái)。
【標(biāo)題】RNA 時(shí)間戳識(shí)別測(cè)序中的 RNA 年齡
【平臺(tái)】10X
【期刊】Nat Biotechnol（IF=31.86）
【時(shí)間】2020-10-19
【摘要】目前的單細(xì)胞 RNA 測(cè)序的方法只能提供有限的信息的動(dòng)態(tài)基因表達(dá)。本文中，研究者提供了 RNA 時(shí)間戳，一種利用 RNA 編輯推斷 RNA seq 數(shù)據(jù)中單個(gè) RNA 年齡的方法。通過(guò)引入時(shí)間戳，研究者用一個(gè)報(bào)告 motif 對(duì) RNA 進(jìn)行標(biāo)記，該報(bào)告 motif 由多個(gè) MS2 結(jié)合位點(diǎn)組成，該結(jié)合位點(diǎn)招募集與 MS2 衣殼蛋白上的腺苷脫氨酶 ADAR2。ADAR2 與標(biāo)記的 RNA 結(jié)合會(huì)導(dǎo)致 A -to- I 編輯隨著時(shí)間積累，從而可以小時(shí)刻度精度推斷出 RNA 的年齡。通過(guò)結(jié)合同一啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)下多個(gè)帶有時(shí)間戳 RNA 的觀察，研究者可以確定啟動(dòng)子何時(shí)激活。他們證明該系統(tǒng)可以推斷多個(gè)過(guò)去的轉(zhuǎn)錄事件的存在和時(shí)間。研究者根據(jù)過(guò)去的轉(zhuǎn)錄活性的時(shí)間，將該方法用于單個(gè)細(xì)胞的聚類(lèi)。RNA 時(shí)間戳將允許將時(shí)間信息合并到 RNA-seq 工作流程中。
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