標(biāo)題：帕金森病神經(jīng)元的表觀(guān)基因組學(xué)分析確定 Tet2 丟失具有神經(jīng)保護(hù)作用

時(shí)間：2020/10/17

單位：范安德?tīng)栄芯克?

期刊：Nat Neurosci  20.071 

平臺(tái)：甲基化探針捕獲測(cè)序、RNA-seq

摘要：帕金森氏?。≒D）發(fā)病機(jī)制可能涉及修飾神經(jīng)元功能的增強(qiáng)子的表觀(guān)遺傳調(diào)控。在這里，作者全面檢查了 PD 患者和對(duì)照組個(gè)體神經(jīng)元中全基因組增強(qiáng)子的 DNA 甲基化。作者發(fā)現(xiàn)在 PD 神經(jīng)元的增強(qiáng)子上胞嘧啶修飾廣泛增加，部分原因是由于羥甲基化水平升高。PD 患者表現(xiàn)出 TET2 的表觀(guān)修飾和轉(zhuǎn)錄上調(diào)，TET2 是胞嘧啶修飾狀態(tài)的主要調(diào)節(jié)劑。TET2 缺失的神經(jīng)元細(xì)胞模型中發(fā)現(xiàn)胞嘧啶修飾發(fā)生變化，并且與 PD 神經(jīng)元中觀(guān)察到的結(jié)果相反。此外，小鼠中的 Tet2 失活可完全恢復(fù)由先前炎癥引起的黑色素多巴胺能神經(jīng)元的缺失。Tet2 缺失也減弱了由炎癥觸發(fā)的轉(zhuǎn)錄免疫反應(yīng)。因此，PD 神經(jīng)元中增強(qiáng)子的廣泛表觀(guān)遺傳失調(diào)可能部分是由于 TET2 表達(dá)增加介導(dǎo)的。綜上，Tet2 活性的降低在體內(nèi)具有神經(jīng)保護(hù)作用，并且可能是 PD 治療的新靶標(biāo)。

時(shí)間：2020/10/16 

單位：德州農(nóng)工大學(xué)

期刊：Sci Adv  13.116

平臺(tái)：WGBS、hMeDIP-seq

摘要：小兒腦惡性腫瘤常見(jiàn)的形式是髓母細(xì)胞瘤（MB），其致癌突變的頻率較低，但 DNA 甲基化變化異常明顯。通過(guò)液體活檢對(duì) ctDNA 進(jìn)行表觀(guān)遺傳學(xué)分析提供了一種實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)腫瘤狀態(tài)而無(wú)需進(jìn)行腫瘤解剖的方法。在這項(xiàng)研究中，與正常小腦相比，作者鑒定了 MB 腫瘤中 6598 個(gè)差異甲基化的 CpGs，以及從匹配的腦脊髓液（CSF）分離的 ctDNA，可用于檢測(cè) MB 腫瘤的發(fā)生并確定其亞型。此外，CSF 樣品中的 DNA 甲基化變化可用于監(jiān)測(cè)治療反應(yīng)和腫瘤復(fù)發(fā)。作者將本次研究數(shù)據(jù)與大型公共數(shù)據(jù)集整合研究發(fā)現(xiàn)，在 ctDNA 中鑒定出了可信的 MB DNA 甲基化標(biāo)記物，這些標(biāo)記具有潛在的診斷和預(yù)后價(jià)值。作者的研究為利用腦脊液表觀(guān)遺傳標(biāo)記改善 MB 患者的臨床管理奠定了基礎(chǔ)。

標(biāo)題：尿液 DNA 甲基化檢測(cè)使膀胱癌的早期檢測(cè)和復(fù)發(fā)監(jiān)測(cè)成為可能

時(shí)間：2020/10/26 

單位：中山大學(xué)

期刊：J Clin Invest  11.864

平臺(tái)：甲基化捕獲測(cè)序

摘要：當(dāng)前膀胱癌（BCa) 檢測(cè)和監(jiān)測(cè)的背景方法通常是有創(chuàng)的或敏感性和特異性欠佳，特別是在早期腫瘤中。作者開(kāi)發(fā)了一種高效的方法，稱(chēng)為 utMeMA，用于檢測(cè)尿液腫瘤多個(gè)基因組區(qū)域的 DNA 甲基化。作者通過(guò)結(jié)合中山紀(jì)念醫(yī)院（SYSMH)、腫瘤基因組圖譜（TCGA) 和基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫(kù)（GEO) 的隊(duì)列分析，鑒定了 BCa 特異性甲基化標(biāo)記。在回顧性隊(duì)列中（n = 313) 建立 BCa 診斷模型，并在多中心前瞻性隊(duì)列中（n = 175) 進(jìn)行驗(yàn)證。作者通過(guò)聯(lián)合分析初次發(fā)現(xiàn)了 26 個(gè) BCa 顯著的甲基化標(biāo)志物。作者建立并驗(yàn)證了一個(gè)基于 2 個(gè)標(biāo)志物的診斷模型，該模型能夠以較高的準(zhǔn)確率（86.7%)、敏感性（90.0%) 和特異性（83.1%) 對(duì) BCa 患者進(jìn)行鑒別。此外，基于 utMeMA 的檢測(cè)在尿液細(xì)胞學(xué)和 FISH 檢測(cè)方面有很大的提高，特別是在早期、Ta 期和低級(jí)別腫瘤的檢測(cè)方面。綜上，尿液 DNA 甲基化評(píng)估用于 BCa 早期診斷、微量、殘留腫瘤檢測(cè)和監(jiān)測(cè)是一種快速、高通量、無(wú)創(chuàng)、有前景的方法，可減少膀胱鏡檢查負(fù)擔(dān)和盲二次手術(shù)。

標(biāo)題：新生兒臍帶血 DNA 甲基化反映了早期神經(jīng)發(fā)育和 x 連鎖基因的失調(diào)

時(shí)間：2020/10/14

單位：美國(guó)加州大學(xué)戴維斯分校

期刊：Genome Med  10.675 

平臺(tái)：WGBS

摘要：自閉癥譜系障礙（Autism spectrum disorder, ASD) 是一種神經(jīng)發(fā)育障礙，遺傳復(fù)雜，男性患病率較高。新生兒表觀(guān)基因組可能會(huì)反映早期發(fā)育過(guò)程中遺傳和環(huán)境因素之間的相互作用，并影響未來(lái)的健康結(jié)局。作者對(duì) 152 個(gè)臍血樣本進(jìn)行全基因組亞硫酸鹽測(cè)序，這些樣本來(lái)自 MARBLES 和 EARLI 高家族風(fēng)險(xiǎn)前瞻性隊(duì)列，以確定出生時(shí) ASD 的表觀(guān)基因組特征。樣本被分為發(fā)現(xiàn)組和驗(yàn)證組，并按性別分層，通過(guò)他們的 DNA 甲基化譜測(cè)試 ASD 和正常發(fā)育的對(duì)照臍帶血樣本之間的差異甲基化區(qū)域（DMRs)。DMRs 被定位到基因上，評(píng)估其在基因功能、組織表達(dá)、染色體位置以及與先前 ASD 研究重疊方面的豐富程度。通過(guò)檢測(cè) DMR 位置在染色質(zhì)狀態(tài)和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序的富集，結(jié)果在發(fā)現(xiàn)組和復(fù)制組之間以及在男性和女性之間進(jìn)行比較。作者確定了按性別分層的 DMRs。在區(qū)域水平上，男性 7 個(gè) DMR 基因和女性 31 個(gè) DMR 基因在兩組獨(dú)立受試者中得到驗(yàn)證，而男性 537 個(gè) DMR 基因和女性 1762 個(gè) DMR 基因通過(guò)基因關(guān)聯(lián)存在重疊。這些 DMR 基因在 ASD 患者死后腦的腦和胚胎表達(dá)、X 染色體定位和鑒定中顯著富集。在男性和女性中，常染色體 ASD DMRs 在大多數(shù)細(xì)胞類(lèi)型中的啟動(dòng)子和二價(jià)染色質(zhì)狀態(tài)顯著富集，而 x 連鎖 ASD DMRs 在性別上存在差異。這些在臍帶血中發(fā)現(xiàn)的 DMRs 顯著富集到與胎兒腦發(fā)育相關(guān)的甲基敏感轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。出生時(shí)，在診斷 ASD 之前，臍帶血在與早期胎兒神經(jīng)發(fā)育相關(guān)的調(diào)節(jié)區(qū)域和基因上檢測(cè)到一個(gè)明顯的 DNA 甲基化特征。ASD 脊髓的差異甲基化支持 ASD 的發(fā)育性和性別偏倚的病因?qū)W，并為早期診斷和治療提供了新的見(jiàn)解。