文章展示
七月份單細胞測序相關(guān)文獻共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。
【標(biāo)題】單細胞 RNA-Seq 揭示了小兒室管膜瘤的細胞層次和受損的發(fā)育軌跡
【平臺】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【時間】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的異質(zhì)實體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應(yīng)用 scRNA-seq 來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內(nèi)異質(zhì)性和發(fā)育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細胞層級組成，其向神經(jīng)元 - 神經(jīng)膠質(zhì)命運決定分化的三個譜系受損。盡管對室管膜瘤的預(yù)后有利的群主要包含分化的細胞，侵襲性的群中未分化的細胞群是豐富的。所描繪的轉(zhuǎn)錄組特征與患者的存活率相關(guān)，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學(xué)和臨床行為相關(guān)的發(fā)育層級。
【標(biāo)題】人鱗狀細胞癌成分和空間結(jié)構(gòu)的多模態(tài)分析
【平臺】10X（基因表達和空間轉(zhuǎn)錄組）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-23
【摘要】為了確定皮膚鱗狀細胞癌（CSCC) 的細胞組成和結(jié)構(gòu)，研究者將單細胞 RNA 測序與空間轉(zhuǎn)錄和來自一系列人類 cSCC 和配對正常皮膚的多重離子束成像相結(jié)合。CSCC 有四個腫瘤亞群，三個涵蓋了正常表皮狀態(tài)，以及一個腫瘤特異性角質(zhì)形成細胞（TSK) 群體，后者定位于纖維血管微環(huán)境中。單細胞和空間數(shù)據(jù)的整合將配體 - 受體網(wǎng)絡(luò)映射到特定的細胞類型，揭示了 TSK 細胞是細胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括 T 調(diào)節(jié)細胞（Treg) 與 CD8T 細胞在分隔的腫瘤間質(zhì)中的共定位。人類腫瘤移植的單細胞鑒定和體內(nèi) CRISPR 篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網(wǎng)絡(luò)在腫瘤發(fā)生中的重要作用。這些數(shù)據(jù)定義了 CSCC 腫瘤和間質(zhì)細胞亞群，它們相互作用的空間區(qū)位，以及它們參與癌癥的通訊基因網(wǎng)絡(luò)。
【標(biāo)題】自我報告的轉(zhuǎn)座子可以同時讀出單個細胞中的基因表達和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-24
【摘要】細胞異質(zhì)性混淆了轉(zhuǎn)錄因子（TF) 結(jié)合的原位檢測。單細胞 RNA 測序（scRNA-seq) 將細胞類型從基因表達中去卷積，但沒有技術(shù)將細胞身份與這些細胞類型中的 TF 結(jié)合位點（TFBS) 聯(lián)系起來。我們提出了自我報告轉(zhuǎn)座子（SRT)，并將其用于單細胞名片（SCCC)，這是一種在單細胞中同時測量基因表達和定位 TFBS 的新方法。從 mRNA 中恢復(fù) SRT 的基因組位置，通過外源 TF- 轉(zhuǎn)座酶融合沉積的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射來自 scRNA-seq 文庫的 SRT，同時識別這些相同細胞中的細胞類型和 TFBS。研究者使用此技術(shù)對多個 TF 進行基準測試。使用 SCCC 在 K562 細胞中發(fā)現(xiàn) BRD4 介導(dǎo)的細胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換。研究者在單細胞分辨率下定位了小鼠皮層中的 BRD4 結(jié)合位點，建立了一種原位研究 TF 生物學(xué)的新方法。
【標(biāo)題】單細胞轉(zhuǎn)錄組譜分析揭示中性粒細胞在穩(wěn)態(tài)和感染中的異質(zhì)性
【平臺】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【時間】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒細胞異質(zhì)性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細胞 RNA 測序分析了超過 25,000 個分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細胞，以提供嗜中性粒細胞在其穩(wěn)態(tài)和細菌感染過程中的成熟，功能和命運決定的全面轉(zhuǎn)錄情況。通過不同的分子特征定義了八個嗜中性粒細胞群。三個成熟的外周血中性粒細胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細胞亞群。在已知和未表征的轉(zhuǎn)錄因子的驅(qū)動下，嗜中性粒細胞在穿越轉(zhuǎn)錄環(huán)境時逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細胞應(yīng)答進行精細調(diào)節(jié)的進化機制。細菌感染可重編程中性粒細胞種群的遺傳結(jié)構(gòu)，改變亞種群和原始中性粒細胞之間的動態(tài)過渡，以增強功能，而不會影響整體異質(zhì)性。總之，這些數(shù)據(jù)建立了一個參考模型和總體框架，以單細胞分辨率研究嗜中性粒細胞相關(guān)疾病的機制，生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。
【標(biāo)題】單細胞分辨率下拉伸介導(dǎo)的皮膚擴張機制
【平臺】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-07-29
【摘要】皮膚對拉伸的反應(yīng)能力已經(jīng)在重建手術(shù)中得到了利用。盡管表皮細胞對拉伸的反應(yīng)已經(jīng)在離體中進行了研究，但尚不清楚機械力如何影響它們在體內(nèi)的行為。本文里，研究者開發(fā)了一個小鼠模型，在這個模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細胞分辨率下進行研究。使用克隆分析、定量建模和單細胞 RNA 測序相結(jié)合的多學(xué)科方法，表明了拉伸通過在表皮干細胞的更新活動中產(chǎn)生瞬時偏差來誘導(dǎo)皮膚擴張，而第二亞群的基底干細胞仍然致力于分化。轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)圖譜確定了細胞狀態(tài)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是如何通過伸展來調(diào)節(jié)的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內(nèi)以單細胞分辨率控制拉伸介導(dǎo)的組織擴張的逐步機制。
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綜上所述，該研究初次從單細胞水平詳細探討了腸道樣本中不同免疫細胞因免疫治療引起變化的機制，發(fā)現(xiàn)了毒性 CD8+ T 細胞，增殖 CD8+ T 細胞以及 CD4+ Treg 細胞在 +CPI colitis 樣本中的富集，并且基于 TCR 序列信息驗證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細胞大部分來源于 CD8+ Trm 細胞，通過對不同細胞因子的分析識別出了潛在的因免疫檢測點阻斷誘發(fā)的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點。
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七月份單細胞測序相關(guān)文獻共收集到 36 篇（IF>9），文末列表中列出文獻發(fā)表期刊、研究方向和技術(shù)平臺等信息，接下來先看看其中 5 篇。
【標(biāo)題】單細胞 RNA-Seq 揭示了小兒室管膜瘤的細胞層次和受損的發(fā)育軌跡
【平臺】Smart-seq2，10X，Illumina 甲基化芯片
【期刊】Cancer Cell（IF=23.9）
【時間】2020-07-13
【摘要】室管膜瘤是中樞神經(jīng)系統(tǒng)腫瘤的異質(zhì)實體，具有成熟的分子群。在這里，研究者應(yīng)用 scRNA-seq 來分析跨分子群和解剖位置的室管膜瘤，以研究其瘤內(nèi)異質(zhì)性和發(fā)育起源。室管膜瘤由從未分化的群體開始的細胞層級組成，其向神經(jīng)元 - 神經(jīng)膠質(zhì)命運決定分化的三個譜系受損。盡管對室管膜瘤的預(yù)后有利的群主要包含分化的細胞，侵襲性的群中未分化的細胞群是豐富的。所描繪的轉(zhuǎn)錄組特征與患者的存活率相關(guān)，并確定靶向治療方法的分子依賴性。綜上所述，研究者的分析揭示了室管膜瘤潛在的與生物學(xué)和臨床行為相關(guān)的發(fā)育層級。
【標(biāo)題】人鱗狀細胞癌成分和空間結(jié)構(gòu)的多模態(tài)分析
【平臺】10X（基因表達和空間轉(zhuǎn)錄組）
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-23
【摘要】為了確定皮膚鱗狀細胞癌（CSCC) 的細胞組成和結(jié)構(gòu)，研究者將單細胞 RNA 測序與空間轉(zhuǎn)錄和來自一系列人類 cSCC 和配對正常皮膚的多重離子束成像相結(jié)合。CSCC 有四個腫瘤亞群，三個涵蓋了正常表皮狀態(tài)，以及一個腫瘤特異性角質(zhì)形成細胞（TSK) 群體，后者定位于纖維血管微環(huán)境中。單細胞和空間數(shù)據(jù)的整合將配體 - 受體網(wǎng)絡(luò)映射到特定的細胞類型，揭示了 TSK 細胞是細胞間通信的樞紐。觀察到潛在的免疫抑制的多種特征，包括 T 調(diào)節(jié)細胞（Treg) 與 CD8T 細胞在分隔的腫瘤間質(zhì)中的共定位。人類腫瘤移植的單細胞鑒定和體內(nèi) CRISPR 篩查確定了特定的腫瘤亞群富集基因網(wǎng)絡(luò)在腫瘤發(fā)生中的重要作用。這些數(shù)據(jù)定義了 CSCC 腫瘤和間質(zhì)細胞亞群，它們相互作用的空間區(qū)位，以及它們參與癌癥的通訊基因網(wǎng)絡(luò)。
【標(biāo)題】自我報告的轉(zhuǎn)座子可以同時讀出單個細胞中的基因表達和轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合。
【平臺】10X
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時間】2020-07-24
【摘要】細胞異質(zhì)性混淆了轉(zhuǎn)錄因子（TF) 結(jié)合的原位檢測。單細胞 RNA 測序（scRNA-seq) 將細胞類型從基因表達中去卷積，但沒有技術(shù)將細胞身份與這些細胞類型中的 TF 結(jié)合位點（TFBS) 聯(lián)系起來。我們提出了自我報告轉(zhuǎn)座子（SRT)，并將其用于單細胞名片（SCCC)，這是一種在單細胞中同時測量基因表達和定位 TFBS 的新方法。從 mRNA 中恢復(fù) SRT 的基因組位置，通過外源 TF- 轉(zhuǎn)座酶融合沉積的 SRT 可用于定位 TFBS。研究者提出的 SCCC，它映射來自 scRNA-seq 文庫的 SRT，同時識別這些相同細胞中的細胞類型和 TFBS。研究者使用此技術(shù)對多個 TF 進行基準測試。使用 SCCC 在 K562 細胞中發(fā)現(xiàn) BRD4 介導(dǎo)的細胞狀態(tài)轉(zhuǎn)換。研究者在單細胞分辨率下定位了小鼠皮層中的 BRD4 結(jié)合位點，建立了一種原位研究 TF 生物學(xué)的新方法。
【標(biāo)題】單細胞轉(zhuǎn)錄組譜分析揭示中性粒細胞在穩(wěn)態(tài)和感染中的異質(zhì)性
【平臺】10X
【期刊】Nature Immunology（IF=23.5）
【時間】2020-07-27
【摘要】完整的嗜中性粒細胞異質(zhì)性和分化情況仍然不完整。本文里，研究者使用單細胞 RNA 測序分析了超過 25,000 個分化的和成熟的小鼠嗜中性粒細胞，以提供嗜中性粒細胞在其穩(wěn)態(tài)和細菌感染過程中的成熟，功能和命運決定的全面轉(zhuǎn)錄情況。通過不同的分子特征定義了八個嗜中性粒細胞群。三個成熟的外周血中性粒細胞亞群來自不同的成熟骨髓中性粒細胞亞群。在已知和未表征的轉(zhuǎn)錄因子的驅(qū)動下，嗜中性粒細胞在穿越轉(zhuǎn)錄環(huán)境時逐漸獲得殺菌能力，這代表了對有效但平衡的嗜中性粒細胞應(yīng)答進行精細調(diào)節(jié)的進化機制。細菌感染可重編程中性粒細胞種群的遺傳結(jié)構(gòu)，改變亞種群和原始中性粒細胞之間的動態(tài)過渡，以增強功能，而不會影響整體異質(zhì)性。總之，這些數(shù)據(jù)建立了一個參考模型和總體框架，以單細胞分辨率研究嗜中性粒細胞相關(guān)疾病的機制，生物標(biāo)志物和治療靶標(biāo)。
【標(biāo)題】單細胞分辨率下拉伸介導(dǎo)的皮膚擴張機制
【平臺】10X
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時間】2020-07-29
【摘要】皮膚對拉伸的反應(yīng)能力已經(jīng)在重建手術(shù)中得到了利用。盡管表皮細胞對拉伸的反應(yīng)已經(jīng)在離體中進行了研究，但尚不清楚機械力如何影響它們在體內(nèi)的行為。本文里，研究者開發(fā)了一個小鼠模型，在這個模型中，伸展對皮膚表皮的影響可以在單細胞分辨率下進行研究。使用克隆分析、定量建模和單細胞 RNA 測序相結(jié)合的多學(xué)科方法，表明了拉伸通過在表皮干細胞的更新活動中產(chǎn)生瞬時偏差來誘導(dǎo)皮膚擴張，而第二亞群的基底干細胞仍然致力于分化。轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)圖譜確定了細胞狀態(tài)和基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)是如何通過伸展來調(diào)節(jié)的。利用藥理抑制劑和小鼠突變體，研究者定義了在體內(nèi)以單細胞分辨率控制拉伸介導(dǎo)的組織擴張的逐步機制。
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綜上所述，該研究初次從單細胞水平詳細探討了腸道樣本中不同免疫細胞因免疫治療引起變化的機制，發(fā)現(xiàn)了毒性 CD8+ T 細胞，增殖 CD8+ T 細胞以及 CD4+ Treg 細胞在 +CPI colitis 樣本中的富集，并且基于 TCR 序列信息驗證了 +CPI colitis 特異性以及 CD8+ T 細胞大部分來源于 CD8+ Trm 細胞，通過對不同細胞因子的分析識別出了潛在的因免疫檢測點阻斷誘發(fā)的腸炎或其他 irAEs 的治療靶點。
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