ceRNA（競爭性內(nèi)源 RNA）是近幾年的研究熱點，已知 microRNA 可以通過結(jié)合 mRNA 導(dǎo)致基因沉默，而 ceRNA 可以通過競爭性地結(jié)合 microRNA 來調(diào)節(jié)基因表達。ceRNA（常見的為 lncRNA 和 circRNA）可以通過應(yīng)答元件（microRNA response elements, MREs) 與 microRNA 結(jié)合從而影響 microRNA 導(dǎo)致的基因沉默。相較于 microRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，ceRNA 作為一種全新的基因表達調(diào)控模式，其更為精細和復(fù)雜，涉及更多的 RNA 分子。伯豪 ceRNA 芯片（可同時檢測 circRNA、lncRNA、mRNA）自推出以來，已助力眾多科研工作者在 ceRNA 研究領(lǐng)域取得了喜人的研究成果，發(fā)表了十多篇 ceRNA 研究文章，總影響因子 88.91，平均影響因子為 5.23。

ceRNA 芯片作為高性價比的高通量篩選工具，能夠一次性篩選分析實驗組和對照組的大量差異基因，那么如何從眾多的差異結(jié)果里挑選出實驗相關(guān)的具有代表性的 ceRNA(circRNA/lncRNA) 進行后續(xù)的功能機制研究呢，下面的幾篇伯豪客戶的 ceRNA 文章將給大家提供一些思路。

circTP63 作為 ceRNA 通過上調(diào) FOXM1 促進肺鱗狀細胞癌進展

發(fā)布期刊：

Nat Commun (IF:11.87)

關(guān)鍵詞：

肺鱗狀細胞癌、ceRNA、FOXM1、細胞周期

研究背景：

非小細胞肺癌（NSCLC）是肺癌的主要組織學(xué)類型，其中肺鱗狀細胞癌（LUSC）和肺腺癌（LUAD）是主要的亞型，目前針對特定基因突變的靶向藥物的開發(fā)極大地改善了晚期 LUAD 患者的治療，但是 LUSC 的治療尚不明朗，因此尋找治療 LUSC 的潛在分子靶點變得尤為重要。近年來，circRNA 作為一種新型的調(diào)控 RNA 分子，引起了廣泛的關(guān)注，但目前尚未全面探討 circRNA 在 LUSC 中的作用和機制。

研究內(nèi)容：

本文研究人員利用 ceRNA 芯片檢測了 5 對 LUSC 患者組織中 circRNA 和 mRNA 的表達譜。通過分析差異表達的 circRNA 和 mRNAs 的共表達網(wǎng)絡(luò)，發(fā)現(xiàn)細胞周期相關(guān)的 circRNA circTP63 在 LUSC 組織中上調(diào)，且其上調(diào)與 LUSC 患者腫瘤體積較大、TNM 分期較高有關(guān)。circTP63 的表達升高促進了癌細胞在體內(nèi)和體外的增殖。從機理上講，circTP63 與 FOXM1 共享 miRNA 反應(yīng)元件。

研究結(jié)論：

circTP63 競爭性地與 miR-873-3p 結(jié)合，解除其對 FOXM1 表達抑制作用，進而上調(diào) CENPA 和 CENPB，推動細胞周期進展。

目標(biāo) ceRNA 鎖定思路：

研究人員通過對 ceRNA 芯片結(jié)果中差異 mRNA 富集到的通路進行分析，發(fā)現(xiàn)細胞周期是顯著富集到的通路，將細胞周期相關(guān)的 109 個 mRNA 與差異顯著的前 100 個 circRNA 進行共表達分析，挑選出與細胞周期密切相關(guān)的 6 個 circRNA，然后通過 qPCR 定量驗證鎖定目標(biāo) circRNA。

圖 1：LUSC 中目標(biāo) circRNA 分析流程圖

脂肪細胞外泌體 circRNA 通過靶向去泛素化相關(guān)的 USP7 促進肝細胞癌的生長

發(fā)布期刊：

Oncogene (IF:6.63)

關(guān)鍵詞：

肝細胞癌、去泛素化、circRNA、外泌體

研究背景：

肝細胞癌（HCC）是肝癌的主要形式，其發(fā)病率呈升高趨勢，預(yù)后表現(xiàn)很差。脂肪組織通過脂肪因子的分泌在能量儲存和代謝調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。環(huán)狀 RNA(circRNAs) 是一種新型的非編碼 RNA，近期報道顯示它與腫瘤發(fā)生息息相關(guān)，但從脂肪組織中提取的外泌體 circRNA 的作用尚未明確。

研究內(nèi)容：

脂肪分泌的 circRNA 能調(diào)節(jié) HCC 的去泛素化，從而促進細胞生長。外泌體環(huán)去泛素化（circ-DB) 在體脂率較高的 HCC 患者中上調(diào)。體內(nèi)外的研究顯示，exocirc-DB 通過抑制 miR-34a 和激活與去泛素化相關(guān)的 USP7，來促進 HCC 生長并減少 DNA 損傷。結(jié)果表明，脂肪外泌體對肝癌細胞的作用可通過敲降 circ-DB 來逆轉(zhuǎn)。

研究結(jié)論：

脂肪細胞分泌的外泌體 circRNA 通過抑制 miR-34a，激活 USP7/ Cyclin A2 信號通路，促進腫瘤生長并減少 DNA 損傷。

目標(biāo) ceRNA 鎖定思路：

基于已有研究成果，即 miR-34a 在 HCC 細胞中參與調(diào)控 β -catenin 的，Cyclin A2 是 USP7 的重要下游靶基因，USP7/ Cyclin A2 信號通路的激活促進了乳腺癌的進展。研究人員對脂肪細胞外泌體找那個 USP7 相關(guān)的 circRNA 進行分析，鎖定目標(biāo) circRNA。

circFMN2 通過調(diào)節(jié) miR-1182/hTERT 信號通路促進結(jié)直腸癌的進展

發(fā)布期刊：

Clin. Sci.  (IF:5.24)

關(guān)鍵詞：

結(jié)直腸癌、外泌體、circRNA

研究背景：

環(huán)狀 RNA(CircRNAs) 是一類在各種細胞中廣泛表達的非編碼 RNA。然而，目前 circRNA 在結(jié)直腸癌（CRC) 中的分子機制尚清楚。本文研究的目的是試圖從 circRNA-microRNA(MiRNA)-mRNA 相互作用的角度為結(jié)直腸癌的靶向治療提供新的依據(jù)。

研究內(nèi)容：

采用 ceRNA 芯片技術(shù)檢測了 5 對 CRC 癌組織及癌旁組織中 circRNA 的表達情況，并對差異表達的 circRNA 進行了分析。研究人員重點研究了位于 1 號染色體上，起源于 FMN2 的 circRNA has_circ_0005100，并將其命名為 circFMN2。利用 qPCR 檢測了 88 例 CRC 癌組織和細胞系中 circFMN2 的表達，并通過功能分析來評價 circFMN2 在體內(nèi)外對細胞增殖、腫瘤形成的影響。生物信息學(xué)分析預(yù)測，熒光素酶報告實驗證實了 circFMN2、miR-1182、hTERT 的直接相互作用。

研究結(jié)論：

circFMN2 通過與 miR-1182 結(jié)合，解除 miR-1182 對 hTERT 的抑制作用，促進 hTERT 表達，進而促進結(jié)直腸癌的進展。

目標(biāo) ceRNA 鎖定思路：

研究人員對 ceRNA 芯片結(jié)果中差異顯著的前 10 個利用 qRT-PCR 進行擴大樣本量驗證，將芯片和 qRT-PCR 表達趨勢一致，表達量高的 circRNA 鎖定為目標(biāo) ceRNA。

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