作為非編碼 RNA 研究領(lǐng)域的三大明星分子
lncRNA、circRNA、miRNA
lncRNA 的研究熱度一直持續(xù)升溫
lncRNA 數(shù)量龐大，類型多樣，作用模式豐富。那么我們一般都是如何進(jìn)行疾病相關(guān)的 lncRNA 分析的呢？常規(guī)的分析一般都是從 lncRNA 的作用模式著手。
lncRNA 的作用模式主要分為三大類：
- lncRNA 通過(guò) cis 或 trans 靶基因行使一定的功能；
- lncRNA 通過(guò)與蛋白質(zhì)結(jié)合行使功能；
- lncRNA 通過(guò) ceRNA 調(diào)控機(jī)制行使功能。
目前疾病相關(guān)的 lncRNA 研究中 ceRNA 調(diào)控機(jī)制研究必是 No 1。那么既然大家都選擇從 ceRNA 調(diào)控機(jī)制研究，勢(shì)必會(huì)出現(xiàn)扎堆研究現(xiàn)象，這種套路研究相對(duì)簡(jiǎn)單，但是難以避免的發(fā)不了太高分的文章，那么對(duì)于這種情況我們?cè)撨@么解決呢？下面的這篇文章很好的展示了 2020 年如何在套路研究的基礎(chǔ)上發(fā)高分文章。
該文章是 2020 年 1 月南京醫(yī)科大學(xué)附屬第一醫(yī)院的研究團(tuán)隊(duì)發(fā)表在 Molecular Cancer（IF=10.68）雜志上的，文章標(biāo)題為“TEAD4 modulated LncRNA MNX1-AS1 contributes to gastric cancer progression partly through suppressing BTG2 and activating BCL2”。文章研究發(fā)現(xiàn)受轉(zhuǎn)錄因子 TEAD4 表達(dá)調(diào)控的 lncRNA MNX1-AS1 可以通過(guò)抑制靶基因 BTG2 的表達(dá)來(lái)參與調(diào)控胃癌進(jìn)展，同時(shí) MNX1-AS1 可以通過(guò) ceRNA 調(diào)控機(jī)制激活 BCL2 的表達(dá)來(lái)參與調(diào)控胃癌進(jìn)展。區(qū)別于常規(guī)的在一篇文章里只進(jìn)行一種 lncRNA 作用模式研究，該文同時(shí)進(jìn)行了兩種，而且數(shù)據(jù)分析透徹，實(shí)驗(yàn)內(nèi)容充足，小伙伴們可以學(xué)習(xí)起來(lái)哦。
研究背景：
胃癌（Gastric cancer, GC) 是癌癥相關(guān)死亡的第三大病種，也是全球第五大常被診斷的癌癥。由于缺乏敏感和特異性的生物標(biāo)志物，大多數(shù)患者在胃癌晚期才被確診。因此，迫切需要進(jìn)一步研究胃癌的發(fā)病機(jī)制，識(shí)別與胃癌相關(guān)的有效生物標(biāo)志物。
長(zhǎng)鏈非編碼 RNA (long non-coding RNA, lncRNA) 是長(zhǎng)度大于 200 個(gè)核苷酸的轉(zhuǎn)錄本。有研究報(bào)道，lncRNA 通過(guò)參與調(diào)控細(xì)胞凋亡、細(xì)胞分化和轉(zhuǎn)移等多種生物學(xué)活動(dòng)，從而影響癌癥的進(jìn)展。此外，lncRNA 通過(guò)與細(xì)胞分子如蛋白質(zhì)、RNA、DNA 等的相互作用，調(diào)控關(guān)鍵基因的異位表達(dá)。因此，將 lncRNA 作為胃癌發(fā)生相關(guān)的潛在分子進(jìn)行研究，未嘗不是一個(gè)很好的選擇。lncRNA MNX1-AS1（又稱為 CCAT5）初被認(rèn)為是在結(jié)直腸癌（CRC) 中高表達(dá)的基因。有研究報(bào)道稱 CCAT5 通過(guò)與 STAT3 相互作用促進(jìn) CRC 的進(jìn)展。另一研究報(bào)道稱，E2F1 可激活 CRC 細(xì)胞中 MNX1-AS1 的過(guò)表達(dá)，而 MNX1-AS1 通過(guò)海綿吸附 miR-218-5p 增加 SEC61A1 的表達(dá)，從而促進(jìn) CRC 發(fā)生。此外，MNX1-AS1 高表達(dá)組 CRC 患者的預(yù)后明顯差于 MNX1-AS1 低表達(dá)組，顯示了 MNX1-AS1 對(duì) CRC 的預(yù)后具有一定的參考意義。越來(lái)越多的證據(jù)也表明 MNX1-AS1 過(guò)表達(dá)存在于多種癌癥中，包括膠質(zhì)母細(xì)胞瘤、宮頸癌、胃癌、卵巢癌和乳腺癌。同時(shí)有研究發(fā)現(xiàn)，MNX1-AS1 水平的升高預(yù)示著 GC 患者的不良預(yù)后，MNX1-AS1 對(duì) GC 具有促進(jìn)作用。然而，在 GC 中，MNX1-AS1 失調(diào)背后的多種機(jī)制在很大程度上仍是未知的。本研究旨在全面探討 MNX1-AS1 介導(dǎo)的 GC 進(jìn)展機(jī)制模型。
生信分析
BTG2 是 GC 中 MNX1-AS1 的關(guān)鍵下游目標(biāo)。a. 對(duì)照組與 si MNX1-AS1 組 RNA 轉(zhuǎn)錄序列的散點(diǎn)圖。b. 分級(jí)聚類基因轉(zhuǎn)錄在 SGC7901 細(xì)胞中 MNX1-AS1 敲除后發(fā)生改變（倍數(shù)變化大于 1.5)。c. GO 分析 MNX1-AS1 基因敲除后的所有突變基因。我們使用 qRT-PCR 檢測(cè)來(lái)選擇性地檢測(cè)參與 GC 進(jìn)展的幾個(gè)基因的改變。在 MNX1-AS1 敲除的 GC 細(xì)胞中，e. BTG2 在 mRNA 和蛋白水平上都有明顯的表達(dá)
BCL2 是 miR-6785-5p 的靶點(diǎn)，被 MNX1-AS1 缺失所抑制。a. 使用 qRT-PCR 檢測(cè)轉(zhuǎn)染了 miR-6785-5p mimic 或 miR-6785-5p 抑制劑的 GC 細(xì)胞中的 miR-6785-5p，并與對(duì)照組比較。b. 采用 MTT 法研究 miR-6785-5p 表達(dá)改變對(duì) GC 中細(xì)胞活力的影響。c. SGC7901 和 MGC803 細(xì)胞進(jìn)行細(xì)胞凋亡染色分析。隨著 MNX1-AS 基因的下調(diào)，BCL2 在 GC 細(xì)胞中的表達(dá)水平明顯降低。e. qRT-PCR 檢測(cè) miR-6785-5p 調(diào)節(jié)異常對(duì) SGC7901 和 MGC803 細(xì)胞 BCL2 表達(dá)的影響。f. 推測(cè) miR-6785-5p 在 WT 和 BCL2 的 Mut 3’UTR 中的靶向位點(diǎn)的預(yù)測(cè)結(jié)果。MiR-6785-5p 可以與 BCL2 mRNA 的 3'UTR 中的預(yù)測(cè)位點(diǎn)結(jié)合。g. Western blot 檢測(cè)結(jié)果顯示，miR-6785-5p 過(guò)表達(dá)可損害 MNX1-AS1 過(guò)表達(dá)介導(dǎo)的 BCL2 上調(diào)，而抑制 miR-6785-5p 可降低 MNX1-AS1 敲低誘導(dǎo)的 BCL2 下調(diào)
研究結(jié)果：
該模型描述了 lncRNA MNX1-AS1 促進(jìn)胃癌發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制。
